- AutorIn
- Fabian Externbrink
- Titel
- Vorhersage und Analyse von konservierten Merkmalen der Kontrollregion mitochondrialer Genome
- Zitierfähige Url:
- https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:bsz:15-qucosa2-170669
- Schriftenreihe
- Abschluss- und Qualifikationsarbeiten aus der Fakultät für Mathematik und Informatik
- Datum der Einreichung
- 01.09.2011
- Abstract (DE)
- Ein großer Bereich der Bioinformatik ist die automatische Annotation von Genen. Hier gibt es einige Systeme, die speziell für die Annotation in mitochondrialen Genomen ausgelegt sind. So sind MOSAS1[16], MITOS2[6] und DOGMA3[20] zu erwähnen. Alle können mehr oder weniger automatisch die Proteine, tRNAs und rRNAs annotieren. Keins von ihnen kann aber die Kontrollregionen bzw. den D- Loop vorhersagen. Diese Arbeit beschäftigt sich mit dieser Lücke und versucht Möglichkeiten zu finden, die eine Automatisierung der Annotation des D-Loop zu erlauben. Als Grundlage für die verschiedenen Annäherungen und die Bewertung der Ergebnisse werden die Annotationen des D-Loops in der NCBI RefSeq 464[13] benutzt. Hier wird eine besondere Aufmerksamkeit auf die Säugetiere gelegt. Dies ist damit begründet, dass es sich dabei um eine übersichtliche Gruppe mit vielen annotierten D-Loop Regionen handelt. So werden mit den Programmen Fragrep [12] und Blast [1] versucht einzelne Merkmale aus dem D-Loop zu annotieren. Diese werden dann zu einer gesamt Annotation des D-Loops im D-Loop-Finder zusammengesetzt.
- Freie Schlagwörter (DE)
- Annotation, Automatisierung, mitochondriale Genome, D-Loop
- Klassifikation (DDC)
- 000
- BetreuerIn Hochschule / Universität
- Prof. Dr. Martin Middendorf
- Den akademischen Grad verleihende / prüfende Institution
- Universität Leipzig, Leipzig
- Version / Begutachtungsstatus
- publizierte Version / Verlagsversion
- URN Qucosa
- urn:nbn:de:bsz:15-qucosa2-170669
- Veröffentlichungsdatum Qucosa
- 23.01.2018
- Dokumenttyp
- Bachelorarbeit
- Sprache des Dokumentes
- Deutsch